É um dos marcos do Instituto Butantan. A sua construção foi praticamente simultânea a do Edifício Central (inaugurado em 1914) e destinava-se a abrigar animais enviados à instituição. Nele se realizavam as extrações dos venenos necessários à produção de soro. Devido à sua localização, o Serpentário atendia a duas finalidades: local de manutenção dos animais e ao mesmo tempo de atração para o público visitante. Hoje a maioria dos animais encontra-se alojado em salas climatizadas e com cuidados mais adequados à finalidade de produção de venenos. A área atual foi reformada procurando oferecer aos animais ambientação que simule seus ambientes naturais. A visitação ao serpentário pode ser feita em todos os dias de funcionamento do Parque da Ciência Butantan (terça a domingo das 07h às 17h). A visita é gratuita.
